فرق التعويض = (كلفة إعادة البناء حسب مستوى التشطيب + المساحة) - التعويض الرسمي.
 

ويُسَجّلُ لجهادِ البناءِ إنجازُ هذا الملفِ في البقاعِ خلال شهرٍ واحدٍ فقط، لتنتقلَ إلى الدفعِ في الجنوبِ خلالَ ثلاثةَ أشهرٍ، أما في بيروتَ فعمليةُ إعادةِ الاعمارِ كانت مستمرةٌ على عُهدةِ مشروعِ "وعد".
وقدتم دفع فرق التعويض ل 2480 مبنى ومؤسسة مهدمة.

مبادرة "جهاد البناء" هذه جاءت لاعتبارين أساسيين، أولهما تأخّر الدولة في صرف المستحقات التي حددتها للمتضررين، وبالتالي فإن معظم الناس لا يستطيعون أن يتحملوا عبء إعادة الإعمار وحدهم، ثانيهما أن المبالغ المرصودة من قبل الدولة أي 60 مليون ليرة للوحدة السكنية (مهما بلغت مساحتها) و300 ألف ليرة لبنانية للمتر المربع للمؤسسة لا تكفي لإعادة بناء ما تدمّر خصوصاً في ظل ارتفاع أسعار مواد البناء.

وتجدر الإشارة إلى أن فرق التعويض للمؤسسات متعلق فقط بكلفة إعادة الإعمار ولا يشمل الأضرار والخسائر الاقتصادية من بضاعة ومواد وغيرها، يُذكر أنه في وقت سابق تقاضى المتضررين نسبة من مجمل الأضرار بعنوان هدية لأصحاب هذه المؤسسات.من سماحة الامين العام.
ووضعت جهاد البناء مركزين لها في الجنوب وآخر في البقاع في خدمة أهلها المستفيدين من هذا المشروع بعد أن قسّمت الجنوب إلى منطقتين هما شمال نهر الليطاني وجنوبه حيث يتركز الجزء الأكبر من الدمار وذلك لتسهيل التواصل مع المتضررين وعدم تكليفهم مشقة المواصلات

أما أبرزُ الصعوباتِ التي واجهَت المؤسسة ، فهي تتمثلُ :
في نقصِ المعلوماتِ حولَ الأبنيةِ وصعوبةِ تحصيلِها بسببِ غيابِ المسحِ الميدانيّ في القرى والمدنِ، للمباني الموجودةِ ضمنَ نطاقَ البلدياتِ ، لذا تم تجميع المعطيات من مصادر مختلفة كالبلدية، المختار ،التصوير الجوي، إفادات من مصادر مختلفة في البلدة، المستندات الرسمية (رخصة بناء أو تسوية بناء ...).
عدمُ التنسيقِ بين جمعياتِ ومؤسساتِ المجتمعِ المدني خلالَ الحرب وبعدَها، أدّى إلى تشتّتِ الجهودِ وتكرارِ العملِ على ملفٍ واحدٍ عند أكثر من جهةٍ